# raras MCP server

Disease Twin — Brazil's rare-disease knowledge graph (10,468) over MCP. Source-grounded, PT-BR.

## Links
- Registry page: https://www.getdrio.com/mcp/io-github-rarasai-raras
- Repository: https://github.com/rarasAI/raras
- Website: https://raras.org/mcp

## Install
- Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- Auth: Not captured

## Setup notes
- Remote endpoint: https://raras.org/api/mcp

## Tools
- search_diseases (Buscar doenças raras) - Full-text search em 10.468 doenças raras. Suporta filtros SUS/trials. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_disease_detail (Detalhes de doença rara) - Fenótipos HPO, genes, SUS, trials, descrição clínica em PT. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- find_diseases_by_phenotypes (Buscar doenças por fenótipos) - Match por IDs HPO. Use para diagnóstico diferencial. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- search_phenotypes (Buscar fenótipos HPO) - Lookup HPO em PT ou EN. Retorna IDs HP:. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_sus_coverage (Cobertura SUS) - CEAF, SIGTAP, PNTN, nível de integração. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- find_reference_centers (Centros de referência) - Centros por doença e/ou UF, com CNES. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- find_active_trials (Ensaios clínicos ativos) - Trials ativos com filtro Brazil. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- find_similar_diseases (Doenças similares) - Vector similarity via embeddings SOTA. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- find_phenotypically_similar (Doenças com fenótipos similares) - Doenças com perfil de fenótipos HPO semelhante (simGIC pré-computado, explicável: nº de fenótipos em comum). Complementa find_similar_diseases (semântico). Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- find_communities (Comunidades de pacientes) - Comunidades FEBRARARAS por doença. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_graph_stats (Estatísticas do grafo) - Contagens e métricas do dataset. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- search_papers_semantic (Busca semântica de papers) - Busca vetorial sobre 424k papers do PubMed. Use caso clínico, pergunta ou conjunto de sintomas. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- find_papers_for_disease (Papers de uma doença) - Literatura relacionada a uma doença via embeddings (:SEMANTIC_MATCH, fallback vetorial). Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- analyze_clinical_case (Analisar caso clínico) - Caso clínico → doenças candidatas + literatura relevante em 1 chamada. Apenas informativo, nunca diagnóstico. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_schema (Esquema do grafo) - Node labels, relationship types e property keys do grafo. Use antes de cypher_query. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- explain_relation (Explicar relação (MedGraphRAG, raciocínio multi-hop)) - Raciocínio fundamentado sobre o grafo: dada uma pergunta (ex.: "por que o gene X se associa à doença Y?", "como a droga Z se relaciona a esta doença?"), retorna caminhos de evidência multi-hop (doença↔gene↔via↔droga↔fenótipo) com proveniência citável. Se não houver caminho no grafo, recusa — nunca inventa. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_literature_relations (Relações mineradas da literatura (PubTator3)) - Relações tipadas extraídas da literatura biomédica (associate/treat/cause/inhibit/stimulate/prevent) entre a doença e genes/fármacos, com nº de publicações como proveniência. Filtrável por predicado. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_hypotheses (Hipóteses de reposicionamento (co-scientist)) - Candidatos a reposicionamento de fármacos gerados por associação de genes (guilt-by-association): drogas que tratam outras doenças que compartilham genes com esta. HIPÓTESES para investigação, NUNCA recomendações clínicas — cada uma rastreável (via gene X, da doença Y). Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_research_log (Diário de pesquisa do Disease Twin) - Registro cronológico do que o agente autônomo fez por esta doença: autoria, mineração de literatura, evidência genética, verificação, prospecção de fontes, recomputação de relações. Prova de que o gêmeo digital estuda a doença continuamente. Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_recent_updates (Disease Twins atualizados recentemente) - Doenças cujo gêmeo digital ganhou evidência nova (autoria, PubTator3, Open Targets, verificação) nos últimos N dias. Faça polling para acompanhar mudanças (substituto stateless de subscriptions). Endpoint: https://raras.org/api/mcp
- get_evidence (Proveniência / evidências) - Cross-references de autoridade (Orphanet, MONDO, OMIM, MeSH, GARD, UMLS), status de verificação e PMIDs de uma doença. A base da regra "nunca inventar". Endpoint: https://raras.org/api/mcp

## Resources
Not captured

## Prompts
- disease_twin - Falar com o Disease Twin de uma doença Configura o agente como o "gêmeo digital" de UMA doença rara: respostas restritas àquela doença, sempre com fontes, nunca diagnosticando. Arguments: orphaCode

## Metadata
- Owner: io.github.rarasAI
- Version: 0.2.0
- Runtime: Streamable Http
- Transports: HTTP
- License: Not captured
- Language: Not captured
- Stars: Not captured
- Updated: May 21, 2026
- Source: https://registry.modelcontextprotocol.io